He estado investigando un poco el tema, y aunque aun no lo tengo resuelto creo que la soluición esta en el siguiente sitio:
SPRO-Comercial-Facturación-Control de Copia Entrega/Factura.
Dentro del control de copia entre entrega y factura (F2 y LF), tenemos cabecera y posición. y en posición (Elijo la posición TAN)
en la pantalla de posición hay campo llamado: "Datos VBRK/VBRP"
En ese campo se pueden elegir una serie de entradas de numeros de 3 cifras, y cada una de ellas está asociada a unas líneas de código (que se pueden ver con un botón que hay en la propia pantalla) y que creo que establecen las condiciones para poder o no poder facturar.
No acabo de conseguir que funcione, pero estoy casi seguro que hay que tocar algo por aquí. Probablemente crear una nueva entrada con otro número y asignarle un código que verfique solo que el pagador es el mismo, o algo así.
Si alguien lo resulve por favor que nos lo cuente.