Hola Tate ... primero q nada la configuracion de tu usuario esta predeterminado para usar la coma como separador de miles, ahora lo que necesariamente se tiene que hacer es:
1. Crear un tipo char para pasar esa cantidad
2. Usar la BAPI BAPI_USER_GET_DETAIL para saber la configuracion de usuario y ver si esta usando el '.' o ',' como separador de miles, eso lo ves en el campo DEFAULTS-DCPFM
3. Si es . no realizar REPLACE sobre la variable de tipo CHAR, y si lo es realizar el REPLACE con la ,
4. Una vez que este modificado el valor de tipo char con la cantidad puedes realizar el pase a la variable de tipo QUAN
Espero te ayude
