Hola Paola,
para que el sistema te controle el importe que ya has cobrado o pagado parcialmente, tienes que habilitar, en las opciones de tratamiento, el campo 'Considerar referencia a factura'.
De esta manera, el sistema te relaciona la factura original con los pagos / cobros parciales a través del campo referencia a factura, y no te deja pasarte con los cobros / pagos parciales.
Saludos,
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