En este caso creo que seria mejor JAVA aunque para capas bajas y el negocio manejes ABAP
Ahora el porque te lo dejan a la eleccion de la empresa tambien se puede ver en el sentido economico de una empresa no es el mismo costo de un netweaber a un java aunque pudieran hacer lo mismo en teoria(y muchos casos la practica), otra diferencia es que java no necesitaras las licencias lo que en sap si es requerido
Son ventajas y desventajas que podrias tener en cuanto a los lenguajes pero en cuento a lo economico es el sentido del porque dejan esa opcion ademas de las ya mencionadas abajo como son que en parte es traer clientes y no cerrar el ERP como tal, si no posiblemente darle mas futuro con la apertura hacia JAVA.
Saludos
