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Haz el ejemplo desde cero, pues el primer documento de pago parcial que has generado a lo mejor no llevaba el campo referencia a factura.
Entiendo que los parciales los haces utilizando la funcionalidad de pago parcial, no?
Si lo haces así, verás que al realizar el segundo pago parcial y seleccionar la factura, el sistema te toma además el primer pago parcial, y no te deja seleccionar solo la factura, sino que ambos documentos (factura y primer pago parcial) los selecciona juntos.
Te tiene que funcionar, es estándar.
Saludos,
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