Hola,
Tendrías dos opciones:

1- Si tienes los documentos localizados y no son muchos, podrías hacerlo manualmente poniendo a las posiciones de texto un motivo de rechazo.

2- Si son demasiados puedes hacer un programa que acceda a modificar todos aquellos documentos cuyo estatus es pendiente o en curso.

Cambiando la parametrización del tipo de posición de aquellas posiciones de texto, indicando que no son de reparto y que me imagino que tampoco serán relevantes para facturación, solucionarás correctamente lo que te ha sucedido hasta ahora.

Espero haberte ayudado.