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Una posible solución evitando sentencias negativas en los SELECTs, seria.
Seleccionar todos los registros de la TABLA A.
Con esta tabla accedemos a la TABLA B.
Recorremos la TABLA A y eliminamos los registros que esten en la TABLA B.
En la TABLA A tenemos los registros que no esta en la TABLA B.
Creo que es esto lo que buscas.
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