Hola,
los anticipos son tenidos en cuenta por el 347, y es correcto que los tenga en cuenta.
El problema que tienes es debido a que no has relacionado la factura con el anticipo. Una vez tienes la factura, si la relacionas con el anticipo en la transacción F-39 (para clientes) o F-54 (para acreedores), el 347 te muestra los importes correctamente, es decir, restando al importe de la factura el importe del anticipo.
Saludos,
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