No creo que al ALV_GRID puedas hacer de manera std eso... o al menos yo no lo se, si estuviera en Objetos tenes un poco mas de chances.
La UNICA que se me ocurre, es que copies la funcion de sumarizacion e un Z y ahi le puedas metar vos que solo tenga en cuenta los registros marcados.
No es muy alentadora la idea porque tendras que debuguear el std un rato pero desde mis pocos conocimientos no se me ocurre mas, tal vez puedas buscar en SDN a ver si saben algo.
Y sino la respuesta mas habitual "No, mira... eso SAP no lo contempla, bajalo a Excel y cualquier cosa preguntale a Microsft
"