Que tal Fabiola, en nuestra empresa tambien manejamos la facturacion electronica solo que es fuera de SAP, pero tenemos el mismo problema con los brincos de los folios, en nuestro caso se debe a que las facturas no se envian a las tablas Z de facturacion electronica si estas no se han contabilizado en SAP por x error, a veces pueden pasar dias para que se detecte que una factura no ha caido por ejemplo por un error en determinacion de cuentas, saldo en la moneda, etc. Y en ese lapso los folios van incrementandose, cuando 'arreglan' la factura en SAP el folio que se le asigna ya va muy avanzado por lo cual pasa lo que tu reportas, se que su escenario de facturacion electronica es diferente al nuestro pero igual y te sirve la informacion, saludos!
