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Hola,
Con el New GL, por defecto cuando contabilizas un documento va a parar a los 2 ledgers, al principal y al secundario.
Si contabilizas con la transacción FB01L, tienes la posibilidad de informar el ledger, de este modo, sólo se contabiliza en un único ledger, el que tú informes.
El problema es que las cuentas con la gestión de partidas abiertas activada, las cuentas de terceros, no te permite informar el ledger, por lo que queda grabado el documento en ambos ledgers.
Si no te guardara los documentos en ambos ledgers no cuadraría.

No sé si te servirá de ayuda, pero esta es la lógica de funcionamiento.
Saludos!