Ruben, al crear el proveedor hacelo con modelo invocando el numero y sociedad donde esta creado.
Sugerencia, por diferencias de criterio entre distintas sociedades FI, te sugiero que revises los datos de retencion de impuestos y pago.
Con respecto al segundo punto, al ser dos sociedades FI distintas, no conozco a nivel standar un control de duplicidad de proveedores. Solo se me ocurre incorporar una validacion a un campo obligatorio y exclusivo para el identificar al proveedor,ejemplo Nro de NIF, y que la validacion busque en la otra sociedad FI si existe o no el numero de Nif.
Espero haberte ayudado un poquito
Saludos