Buen día:
Al final nos apoyamos con un experto que ya ha implementado Factura Electrónica y nos dijo que el Idoc y la Cadena son dos temas diferentes. Para la cadena efectivamente los cambios que realicé fueron correctos pero además había que agregar un código parecido a nivel Idoc dentro de un User Exit que llenaba los segmentos de la ampliación. Ya con eso quedó solucionado este tema.
Muchas gracias por el apoyo DCErick y sobre todo por tu valioso tiempo.
Saludos!!
Feliz Navidad y Año Nuevo