Cómo 'saltarse' un include y no ejecutarlo?
 

pues sin tocar el include creo que no puedes; deberías meter todo el contenido del include dentro de un if sy-uname...

El chequeo del usuario, con un if...endif...lo tendrias que poner dentro de tu include, y desde ahí utilizar sentencias de control (check, exit, stop,leave)...
Otra forma que se me ocurre es, haciendo un PERFORM form IN PROGRAM prog. ...le indicas al programa que queres llamar.
Espero te ayude.
Saludos

Gracias a los dos por vuestro interés, pero lo que decís ya lo había intentado, y la solución de poner el if sy-uname la había descartado. He de tocar lo menos posible el código que no sea mío, al menos de momento.

De nuevo gracias compañeros.

Saludos.